敦煌研究院是负责世界文化遗产敦煌莫高窟、天水麦积山石窟、永靖炳灵寺石窟，全国重点文物保护单位瓜州榆林窟、敦煌西千佛洞、庆阳北石窟寺管理的地厅级综合性研究型事业单位。办院方针为“保护、研究、弘扬”。前身是1944年成立的国立敦煌艺术研究所，1951年改组为敦煌文物研究所，1984年扩建为敦煌研究院。

　　敦煌研究院设有党委委员会、院务委员会、纪律检查委员会、学术委员会和工会委员会；设有保护研究部、人文研究部、艺术研究部、文化弘扬部四大业务主管部门统筹协调和管理保护研究所、美术研究所、考古研究所、敦煌文献研究所、文物数字化研究所、《敦煌研究》编辑部、敦煌学信息中心、接待部、敦煌石窟文物保护研究陈列中心、莫高窟数字展示中心、敦煌石窟监测中心、文化创意研究中心等12个部门的业务发展；设有办公室、人力资源处、科研管理处、计划财务处、审计处、保卫处、总务处、国际合作与交流处（港澳台处）、网络中心、新媒体中心、兰州分院办公室、纪检监察室等12个职能部门；麦积山石窟艺术研究所、炳灵寺文物保护研究所、北石窟寺文物保护研究所、榆林窟文物保护研究所、西千佛洞文物保护研究所等5个直属事业单位；敦煌莫高窟旅游服务公司、文物保护技术服务中心、甘肃恒真数字文化科技有限公司、甘肃莫高窟文化遗产保护设计咨询有限公司、甘肃鸿文敦煌艺术研修中心等5个文化科技与创意企业；丝绸之路与敦煌研究中心、佛学研究中心2个人文社科研究平台。

　　敦煌研究院现有在编职工421人，其中专业技术人员319人，占在编职工总数的79.2%；高级专业技术职称97人、中级专业技术职称146人；博士学位28人、硕士学位75人、大学本科学历234人，本科以上学历人数占全院在编职工总数的83.2%。另外，因文物安全、旅游开放等工作需要，聘用合同制职工950人，全院现有职工总数1371人。

　　敦煌研究院成立70多年来，依照党和国家的方针政策，在中央有关部委和甘肃省委省政府以及各级政府部门的长期关怀支持下，几代莫高窟人攻坚克难，锐意进取，逐步形成了“坚守大漠、甘于奉献、勇于担当、开拓进取”的“莫高精神”，以及符合文化遗产事业发展规律的“十位一体”战略发展模式和“基于价值完整性的平衡发展质量管理模式”。先后承担省级以上科研课题140余项，发表论文3940余篇，获省部级以上奖励70余项，授权专利60余项，编制国家或行业标准17项。是国家古代壁画与土遗址保护工程技术研究中心、古代壁画保护国家文物局重点科研基地、甘肃省古代壁画与土遗址保护重点实验室、甘肃省古代壁画与土遗址保护标准化技术委员会、科技部丝绸之路文化遗产保护国际合作研究基地的依托单位。

　　敦煌研究院已发展成为我国拥有世界文化遗产数量最多、跨区域范围最广的文博管理机构，在国内外具有相当影响力的遗址博物馆、敦煌学研究实体、古代壁画与土遗址保护科研基地，国家一级博物馆。2010年在巴西召开的世界遗产委员会第34届会议上，莫高窟被誉为“有效保护与可持续旅游管理方法的典范”。